หลัง Nightcrawler บุกทำเนียบขาว ความหวาดกลัวมนุษย์กลายพันธุ์เพิ่มขึ้นและ William Stryker ใช้เหตุการณ์เป็นข้ออ้างโจมตีโรงเรียนของ Xavier X2: X-Men United (2003) บังคับให้ X-Men กับฝ่ายของ Magneto ร่วมมือกันหยุดแผนใช้ Cerebro กำจัดคนทั้งสายพันธุ์
โลแกนพบว่าสไตรเกอร์เชื่อมโยงกับอดีตที่หายไป ขณะที่นักเรียนต้องเอาตัวรอดโดยไม่มีครูคอยปกป้อง การร่วมมือของสองฝ่ายเต็มไปด้วยความไม่ไว้ใจ เพราะ Magneto ยังมีเป้าหมายของตนซ่อนอยู่
ภาคนี้แสดงว่าศัตรูร่วมทำให้คนเห็นสิ่งที่มีเหมือนกันได้ชั่วคราว แต่ไม่ลบความแตกต่างทางความเชื่อ การอยู่รอดของมนุษย์กลายพันธุ์ขึ้นกับการปกป้องกันเอง โดยไม่ยอมกลายเป็นภาพสัตว์ประหลาดที่ผู้เกลียดชังสร้างไว้ ดูต่อได้ใน หมวดภาพยนตร์
